科技部网站1月11日发布《科技部财政部国家税务总局关于开展高新技术企业认定管理工作检查的通知》（国科发火[2012]1220 号），明确科技部、财政部、国家税务总局将在全国范围内联合开展对高新技术企业认定管理工作的检查。从通知中对检查对象、检查内容、检查时间等的规定来看，此次检查是自 2008 年《高新技术企业认定管理办法》（以下简称《认定管理办法》）（国科发火[2008]172 号）颁布实施以来发起的涉及面最广、涵盖企业范围最大的一次大规模检查行动。根据多年来参与高新技术企业税务咨询服务积累的经验，特对国科发火〔2012〕1220 号文出台的背景、文件要点及企业的应对策略作如下解读。

一、国科发火〔2012〕1220 号文出台的背景

回顾五年来全国高新技术企业认定管理工作的开展实施情况，不难发现此次检查行动的发起是有着深刻的现实因素的考量。根据对历年高新技术企业认定（复审）形势的跟踪调查，我们认为国科发火〔2012〕1220 号文出台的背景大致可从以下三方面进行解析。

（一）国家对高新技术企业的后续监管不断加强

过去五年来，国家审计署、财政部、科技部等部门均对已取得高新资格的企业开展了专项检查，检查结果表明，很多企业在高新条件的诸多方面存在不同程度的问题。

国家审计署在《2009 年第 9 号（总第 41 号）审计结果公告》、《2011 年第 34 号（总第 103 号）审计结果公告》中披露了 102 家 在 2008-2010 年通过认定企业的不合规问题，这些企业 2009 年至 2010 年享受高新技术企业减免税优惠达 62.96 亿元。财政部在2009-2011 年也开展了高企认定及企业所得税优惠政策执行情况专项检查，根据财政部回访检查的“检查结论”和“处理意见”，北京市 2009、2010 年被抽查企业中共有 35 家被撤销了高新技术企业资格，认定机构在 5 年内不再受理该部分企业的认定申请，并由税务机关按规定补征相关税款。

受审计署、财政部检查发现问题的直接影响，科技部也逐年加大对已公示企业的核查力度，并先后取消了北京、上海、江苏、广东、天津等省（市）的已公示高新技术企业 1000 多家（以大、中型企业为主）。

（二）高新企业享受的税收优惠对国家税收影响显著

根据官方公布的数据统计，截至 2012 年底，全国高新技术企业总数已达到 60000 多家，其中仅北京地区就超过 8000 家，占全 国高新技术企业总数的比例约为 13%。以北京、上海、苏州和天津等四个主要省市为例， 2008 年以来每年通过认定的企业数量逐年 下滑，同时 2011、2012 年通过复审的企业数量也比 2008、2009 年通过认定的企业数量减少很多（详见下图）。